K vyššiemu riziku prieniku baktérií do tenkého čreva vedie zlyhanie vyššie spomínaných ochranných mechanizmov. Môže ísť o dôsledok operačných zákrokov na črevách, ktoré narušili celistvosť Bauhinskej chlopne. Ďalej môže ísť o zníženie tvorby žalúdočnej kyseliny v dôsledku chronického žalúdočného zápalu a užívaniu blokátorov protónovej pumpy. Medzi ďalšie príčiny zaraďujeme vznik črevných fistúl prepájajúcich tenké črevo s hrubým črevom. Z celkových príčin sa môže bakteriálne prerastanie logicky častejšie objaviť u ľudí s oslabeným imunitným systémom.

Baktérie v tenkom čreve môžu spôsobovať rôzne tráviace ťažkosti, ako sú plynatosť a bolesti brucha. Dôležitý je aj fakt, že baktérie môžu narušiť metabolizmus a vstrebávanie mnohých zlúčenín, čo vedie k podvýžive a nedostatku vitamínov. Ak dôjde k narušeniu vstrebávania žlčových kyselín a tukov, začnú sa objavovať hnačky. Pomerne častá je porucha vstrebávania vitamínu B12, čo vedie k jeho nedostatku v tele.

Diagnostika 

Je nutné poznať prítomnosť rizikových faktorov pre vznik bakteriálneho prerastania, najmä mať informácie o prekonaných brušných operáciách. Anatomický stav tenkého čreva (celistvosť a prítomnosť fistúl) možno zistiť pomocou enteroklýzy – vyšetrenie tenkého čreva pomocou kontrastnej látky, prípadne CT enteroklýzou. Prítomnosť baktérií v tenkom čreve je možné nepriamo preukázať pomocou dychových testov. Človek pri nich zjednodušene povedané vypije roztok so zlúčeninou, ktorá je metabolizovaná bakteriiami v čreve (napr. glukóza, laktulóza) a prístrojom potom monitorujeme prítomnosť metabolických produktov tejto reakcie vo vydychovanom vzduchu. U ľudí so syndrómom bakteriálneho prerastania zistíme, že tieto produkty vznikajú ešte predtým, ako natrávenina dosiahne úroveň hrubého črevá.

Základom liečby je vyriešiť vyvolávajúcu príčinu, čo však nie je vždy úplne jednoduché. Je potrebná dostatočná výživa, chýbajúce živiny a vitamíny môžu byť podávané injekčne. Baktérie v tenkom čreve je možné vyhubiť niektorými antibiotikami, napríklad rifaximínom. Pokiaľ však trvajú anatomické odchýlky, ktoré viedli k syndrómu slepej kľučky, potom sa po čase baktérie do tenkého čreva opäť vrátia.